清政府平定大小和卓叛乱、重新统一天山南北后，于乾隆二十七年(1762年)设置伊犁将军，治所在惠远城(今新疆霍城县南)。伊犁将军为清朝新疆地区最高官职，统辖新疆南北两路，包括巴尔喀什湖以东、以南，额尔齐斯河上游，天山南北两路，直至帕米尔等地的军政事务。